Špatnou kvalitu vody v lipenské přehradě způsobuje větší uvolňování fosforu v rašeliništích. Z nich se pak látka, která vyhovuje množení sinic, dostává do nádrže. Podíl na znečištění vody mají i odpady z domů a jiných objektů. Vyplývá to ze studie, kterou zveřejnila rada Jihočeského kraje.